Ohrožené druhy rostlin jsou zapisovány do několika různých přehledů/seznamů: Jedná se o červenou knihu, červený seznam a vyhlášku, což je úřední dokument zajišťující ochranu druhů.
Všechny planě rostoucí rostliny jsou obecně chráněné zákonem (Zákon 114/1992Sb., , o ochraně přírody a krajiny). Druhy rostlin mající zvláštní ochranu dle zákona se dělí do tří stupňů odpovídajících míře ohrožení a označujeme je jako zvláště chráněné druhy. Vyhláška je potom úřední dokument, ve kterém je seznam druhů chráněných zákonem uveden (prováděcí vyhláška MŽP 395/1992Sb., ). Takto je chráněno celkem 490 taxonů (druhů a poddruhů). Zákon tedy chrání téměř 20 % všech původních druhů rostlin vyskytujících se v České republice.
Červené seznamy nejsou statické. Neustále se podle aktuální situace a nejnovějších znalostí vyvíjí a přetvářejí. Doplňují se nově ohrožené druhy, mění se statusy u těch již zařazených nebo se z nich v nejlepším případě druhy vyřadí, protože již pozornost a ochranu nevyžadují.
První červený seznam pro vyšší rostliny České republiky vznikl už v roce 1979. Jeho editory byli J. Holub, F. Procházka a J. Čeřovský. Před nedávnem, v roce 2012, vyšel nový červený seznam, jehož autorem je V. Grulich.
Celkový počet taxonů, které jsou v aktuálním červeném seznamu uvedeny, je 1720. Z nich jich je 74 vymizelých a vyhynulých (A1), 53 nezvěstných (A2) a 29 nejasných případů vyhynulých a nezvěstných (A3). Mezi taxony, které jsou na našem území v současné době známy, je 471 kriticky ohrožených (C1), 357 slině ohrožených (C2), 356 ohrožených (C3) a 380 vyžadujících pozornost (C4). Když srovnáme současnou verzi s verzí předcházející, tak zjistíme, že asi 2/3 klasifikovaných taxonů si zachovalo stejnou kategorii a přibližně u 1/3 došlo k nějaké změně. A to není úplně málo.
Nová verze červeného seznamu se řídí kategoriemi zavedenými už v jeho první verzi (A1–A3, C1–C4).
Pro druhy kriticky a silně ohrožené, čili v kategoriích C1 a C2, je nově uváděn důvod takové klasifikace. Může jít o samotnou vzácnost, nebo trend (tedy mizení), a pak rovněž důvod smíšený, tedy vzácnost spojenou s trendem.
Jedná se o seznam ohrožených rostlin (i živočichů), který vydává každé dva roky Mezinárodní svaz ochrany přírody (IUCN). Veškeré k němu se vztahující informace naleznete na speciálních webových stránkách:červený seznam IUCN Kategorie ohrožení se trochu liší od těch používaných u nás.