Hlavním účelem projektu mapování biotopů bylo naplnění podmínek daných evropskými právními předpisy pro vstup do EU, konkrétně vymezení evropsky významných lokalit pro typy přírodních stanovišť, (ty jsou nyní součástí Evropské soustavy chráněných území Natura 2000).
První etapa mapování probíhala v letech 2001–2005. Při mapování biotopů byla shromažďována data nejen pro evropsky významné typy přírodních stanovišť, ale i pro další přírodní biotopy na území ČR. Výsledkem je tak celoplošná mapová vrstva biotopů. Od roku 2006 se provádí aktualizace mapování tak, aby se postihly případné změny.
Potřebnou jednotkou mapování pro splnění mezinárodních povinností je evropsky významný typ přírodního stanoviště (tzv. habitat), což je jednotka vegetace používaná v evropské legislativě. Členění na habitaty je používané v oficiálních dokumentech a při plnění povinností vůči Evropské unii. Pro mapování biotopů ČR je ovšem používána jemnější mapovací jednotka – biotop. Ta je tradičně užívána odborníky ve Střední Evropě. Biotopy lze jednoduše sloučit do jednotlivých habitatů. Tento detailnější přístup tak umožňuje nejen plnit mezinárodní povinnosti, ale zároveň využít data pro řadu jiných účelů. Aktuální klasifikaci biotopů popisuje Katalog biotopů České republiky.
Mapování se zaměřuje zejména na přírodní biotopy, které jsou tradičně středem zájmu ochrany přírody. Při terénním mapování se však zaznamenávají i ostatní biotopy, i když jsou vzhledem k silnému vlivu člověka z hlediska ochrany přírody bezcenné, respektive mohou být z hlediska biodiverzity významné, ale jejich ochrana není možná vzhledem k ekonomické činnosti člověka (např. vegetace vzácných polních plevelů v kulturní krajině). Tyto biotopy jsou označeny jako nepřírodní. Biotopy se hodnotí na tzv. segmentech. Jedná se o stejnorodý územní celek pokrytý jedním biotopem. Ve výjimečných případech může mít segment mozaikovitou strukturu (shluk několika různých biotopů, typické např. pro vegetaci skalních měst). Pokud druhové složení přítomných rostlin neumožňuje přiřazení k žádnému přírodnímu biotopu, obvykle se segment klasifikuje vhodným nepřírodním biotopem.
Vrstva mapování biotopů je volně přístupná veřejnosti na mapovém serveru AOPK ČR . Tato data slouží jako přehledová informace - veřejná část mapového serveru nemá nástroje na datovou analýzu a neumožňuje ani export dat. Poskytování generických dat je upraveno vnitřními předpisy AOPK. Data jsou poskytována na základě žádosti buď bezplatně nebo za poplatek.