Na druhy rostlin a živočichů, respektive i na neživé exempláře a výrobky z nich (např. kožešiny, slonovina, lovecké trofeje, sušené byliny a semena rostlin) uvedené v přílohách A, B, C, D úmluvy o CITES (v naší legislativě viz. zákon 100/2004Sb., o ochraně druhů volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin regulováním obchodu s nimi a dalších opatřeních k ochraně těchto druhů. a vyhláška MŽP 210/2010Sb., o provedení některých ustanovení zákona o obchodování s ohroženými druhy ) se vztahuje přísný mezinárodní režim kontroly.
Ten je založen na povinné registraci vybraných druhů a nutnosti získat povolení pro jejich dovoz respektive vývoz. Kontrolními orgány pro danou problematiku jsou Česká inspekce životního prostředí (ČIŽP) a celní orgány, v některých případech ve spolupráci se Státní veterinární správou (SVS) a Státní rostlinolékařská správou (SRS). V rámci České inspekce životního prostředí je daná problematika v kompetneci Referátu druhové ochrany a CITES.
Povinná registrace některých exemplářů CITES je podle zákona 100/2004 Sb. (§ 23) je zaměřena především na exempláře druhů z přílohy A, a to zejména na živé savce, ptáky a plazy. V praxi to znamená, že takové exempláře musí zaregistrovat každý vlastník nebo tzv. „dlouhodobý držitel“, bez ohledu na to, zda exemplář využívá ke komerčním aktivitám. Registraci provádějí krajské úřady a správy NP a CHKO. MŽP může vyhláškou zúžit povinnost registrace nebo ji naopak rozšířit i na další druhy než z přílohy A, a to na základě doporučení vědeckého orgánu, jímž je Agentura ochrany přírody a krajiny.
K dovozu exemplářů z přílohy A a B (dle legislativy EU) je nutné vývozní povolení CITES ze země původu a dovozní povolení ČR, která jsou předkládána celnímu úřadu při vstupu do EU. Při dovozu exemplářů z přílohy C a D je nutné při vstupu do EU na celním úřadě vyplnit formulář oznámení o dovozu (formuláře jsou k dispozici na celním úřadě), při dovozu exempláře z přílohy C ze země, která jej zařadila do seznamu CITES (viz. rubrika Co je CITES), je nutné i vývozní povolení ze země původu. U uměle vypěstovaných rostlin může vývozní povolení ze země původu nahradit rostlinolékařské osvědčení.
V některých případech je možné dovoz neživých exemplářů z přílohy B (výrobky, suvenýry, lovecké trofeje aj.) považovat za dovoz osobního charakteru, pak stačí pouze vývozní povolení ze země původu. Bližší informace lze získat na na MŽP – oddělení Výkonného orgánu CITES.
Kontrolní orgán pro CITES je ČIŽP, která může ukládat opatření a zjišťovat totožnost osob. Za porušení zákona ukládá ČIŽP pokuty (blokové nebo v přestupkovém či správním řízení). V případě pochybností může ČIŽP podezřelé exempláře CITES zadržet příp. je i zabavit.
Inspektoři ČIŽP jsou při své kontrolní činnosti oprávněni vstupovat do objektů, chovných či pěstebních zařízení či na pozemky. Mohou požadovat vysvětlení či předložení dokladů, mohou prohlédnout exemplář i jeho identifikační označení a pořídit dokumentaci. Kontrolovaná osoba je povinna v odůvodněných případech umožnit i odběr krve či jiného vzorku z exempláře.
Dalším kontrolním orgánem CITES je Celní správa, která provádí kontrolu nad zbožím podléhajícím celnímu dohledu a má pravomoc podezřelé exempláře zadržet.
Při nedodržení povinnosti stanovených zákonem je možné přestupci uložit pokutu až do výše 200.000,– Kč fyzickým osobám a do výše 1.500.000,– Kč podnikatelským subjektům. Dále může dojít k zabavení exemplářů.
V závažných případech je možné případ řešit i dle trestního zákona (řeší speciální složky Celní správy nebo Policie ČR). Dotyčná osoba pak může být potrestána odnětím svobody až na osm let, zákazem činnosti nebo peněžitým trestem.