Natura 2000 je soustava chráněných území, kterou společně vytvářejí členské státy Evropské unie. Je určena k ochraně nejvzácnějších a nejvíce ohrožených druhů živočichů, rostlin a nejvzácnějších přírodních stanovišť na území Evropské unie. Účelem soustavy Natura 2000 je ochrana biologické rozmanitosti a jednotlivá území jsou navrhována podle přesně stanovených kritérií.
Aby tohoto účelu bylo dosaženo co nejefektivněji, proběhlo v členských státech EU mapování přírodních biotopů. Členské státy EU mají povinnost vybrat na svém území nejhodnotnější lokality s výskytem významných živočišných a rostlinných druhů a přírodních stanovišť. Rozloha těchto lokalit by měla být taková, aby bylo zabezpečeno zachování příznivého stavu předmětu ochrany na území celého státu, tzn. ve stavu stejném nebo lepším než v okamžiku vyhlášení. Členský stát Evropské unie má povinnost zajistit odpovídající ochranu i druhům celoevropsky hodnotným, které jsou ale v daném státě hojně rozšířené a nemají v něm tudíž zajištěnou legislativní ochranu (v ČR je to například datel černý).
Pod ochranu Natury 2000 spadá na území celé Evropské unie 253 nejohroženějších typů přírodních stanovišť, 200 druhů živočichů, 434 druhů rostlin a 181 druhů ptáků. V České republice se z toho vyskytuje 58 typů přírodních stanovišť, 55 druhů živočichů, 16 druhů rostlin a 65 druhů ptáků.
Soustava Natura 2000 je vytvářena dvěma typy území:
Soustava Natura 2000 je podložena ochranou podle dvou směrnic:
Ochranu území začleněného do soustavy Natura 2000 si určuje každý členský stát na svém území podle svých vlastních zákonů. Má však povinnost převést do svého právního řádu výše uvedené evropské směrnice. V Česku byly směrnice začleněny do zákona 114/1992Sb., ochraně přírody a krajiny.
Při výběru území se klade důraz hlavně na kvalitu území než na jejich prostorové uspořádání a jejich vzájemné propojení (vzniká soustava, nikoliv síť). Jsou vybírána podle pravidel uvedených ve směrnici 92/43/EHS O ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin. Výběr území musí zahrnovat nejcennější území s výskytem nejpočetnějších populací chráněných druhů a nejzachovalejších přírodních stanovišť a musí být doložen aktuálními vědeckými poznatky. Vytváření soustavy Natura 2000 není jakkoli omezeno už existujícími chráněnými oblastmi na území státu. Přesto často dochází k překrývání se stávajícími chráněnými územími.
Při vzniku území Natura 2000 je odlišný postup pro ptačí oblasti a evropsky významné lokality:
Území je vyhlašováno pro konkrétní druhy a nebo přírodní stanoviště. Ochranná opatření jsou tedy přesně cílena na daný předmět ochrany a nemají jednotný ochranný režim (na rozdíl např. od dnešní NPR), liší se od sebe podle příslušných ochranných fenoménů.
Už při vzniku soustavy Natura 2000 byla myšlenka, že není potřeba omezovat aktivity, které nemají negativní vliv na chráněný druh nebo stanoviště. Chráněná území soustavy Natura 2000 jsou často zakládána na územích, kde se běžně hospodaří. Pokud nemá dosavadní způsob hospodaření negativní vliv na předmět ochrany, může beze změny pokračovat na daném území stávající způsob hospodaření. Občas je však nutno upravit způsob hospodaření potřebám, pro které bylo území vyhlášeno.
Dojde-li k situaci, kdy druhy podléhající ochraně začnou působit hospodářské škody, ohrožovat letecký provoz, či bude-li potřeba regulovat jejich stavy z jiných závažných důvodů, jsou ve směrnicích uvedeny tzv. odchylky. Ty umožňují za přísně kontrolovaných podmínek ochranná opatření, aby bylo zabráněno vzniku škod. Odchylky mohou být místního, regionálního nebo celostátního rozsahu podle četnosti a rozsahu působení škod.
V Česku za přípravu soustavy Natura 2000 odpovídá Ministerstvo životního prostředí České republiky. Na základě jeho pověření zodpovídá za naturové oblasti Agentura ochrany přírody a krajiny ČR.
K říjnu 2012 je vyhlášeno v Česku 41 ptačích oblastí Seznam ptačích oblastí na webu AOPK
v Česku je navrženo mnoho lokalit, např. v rámci Olomouckého kraje je navrženo 67 lokalit.
Vláda ČR dne 18. března 2016 rozšířila síť evropsky významných lokalit Natura 2000 o dalších 50 lokalit. Počet chráněných míst v Česku činí 1111 a jejich rozloha činí asi 10 % území státu.
Natura 2000 is the EU-wide network of nature protection areas which aims to maintain the european biodiversity under the 1992 Habitat Directive.
Natura 2000 network incorporates two types of protection areas: 1) Sites of Community Importance, SCI designated for 231 habitat types (72 priority habitats) and 911 animal and plant species (255 priority species) under the Habitat directive. There are present 60 types of biotopes (19 priority habitats), 39 plant species (15 priority habitats) and 65 animal species (8 priority species) according to the Habitat Directive in the Czech Republic (Reference list for the Pannonian bio-geographical region, Reference list for the Continental region).
2) Special Protection Areas, SPA designated for 194 bird species under the Bird Directive. There are 59 bird species according to the Annex I present in the Czech Republic. Given the large natural variation in bio-diversity across the EU, the directive divides the Community into nine bio-geographical regions (Alpine, Atlantic, Black Sea, Boreal, Continental, Macaronesian, Mediterranean, Pannonian and Steppic). For each bio-geographical region special list of SCIs is proposed. Czech Republic fits only into two bio-geographical regions: Continental and Pannonian.